SMP Negeri 6 Batam adalah sebuah sekolah yang beralamat di Jalan Laksamana Bintan, Sei Panas, Batam, dengan luas area mencapai 10.254 m2 dan luas lantai sekolah 2.753, 19 m2 . Merupakan salah satu sekolah unggulan di Provinsi Kepulauan Riau. Berdiri pada tanggal 5 Mei 1991 dan resmi memulai tahun pelajaran pada Juli 1991.
Pada awal tahun beroperasinya, SMP Negeri 6 Batam baru memiliki tiga ruang kelas, satu laboratorium IPA, satu ruang kepala sekolah dan satu ruang majelis guru.
Sebagai sekolah yang masih memiliki tiga ruang kelas, SMP Negeri 6 baru dapat menerima murid baru untuk satu kelas saja, itu pun khusus kelas sembilan. Dengan kata lain, peserta didik baru SMP Negeri 6 Batam saat itu adalah peserta pindahan sekolah lain.
Pelaksanaan kegiatan belajar mengajar (PBM) pada saat itu, digawangi oleh empat guru dan satu orang tenaga tata usaha saja, di bawah pimpinan Drs. H. Zulbahri M, M.Pd sebagai kepala sekolah. Setelah kegiatan PBM memasuki bulan ke dua, yaitu seiring dengan penerimaan pegawai negeri sipil (PNS), jumlah guru mulai bertambah. Dengan begitu, satu orang guru tidak lagi mengampu beberapa mata pelajaran sekaligus dan kegiatan PBM dapat terlaksana dengan lebih baik.
Menginjak tahun kedua, penerimaan peserta didik baru dibuka bagi kelas tujuh dan delapan. Dengan demikian, SMP Negeri 6 Batam memiliki tiga rombongan belajar (rombel), yaitu satu rombel di tiap jenjang kelas.
Di bawah kepemimpinan Drs. H. Zulbahri, M.Pd, SMP Negeri 6 pernah meraih tiga besar sekolah terbersih tingkat nasional. Kendati kondisi sekolah masih minim fasilitas, termasuk keterbatasan sumber air bersih, namun dapat diatasi dengan pasokan air dari mobil pemerintah setempat. Beruntung, saat itu, persis di belakang SMP Negeri 6 saat ini, masih mengalir sebuah sungai, yaitu Sungai Panas yang banyak membantu masalah air bersih guru dan warga sekolah yang bermukim di sekitar sekolah.
Sekitar 10 tahun memimpin, dan banyak melakukan kemajuan-kemajuan, Drs. H. Zulbahri M, M.Pd kemudian diangkat menjadi Kepala Dinas 
Pendidikan Kota Batam. Selanjutnya, tampuk pimpinan kepala sekolah diamanatkan kepada Drs. H. Safarman, M.Pd.
Di bawah kepemimpinan Drs, H. Safarman, M.Pd SMP Negeri 6 Batam dipercaya menjadi sekolah berstandar nasional SSN bahkan kemudian menyandang predikat rintisan sekolah bertaraf internasional (RSBI). Banyak prestasi ditoreh sejalan dengan pembangunan dan peningkatan kualitas PBM.
Sekitar 9 tahun membina civitas SMP Negeri 6 Batam, Drs, H. Safarman, M.Pd pun digantikan oleh kepala sekolah ketiga yaitu Sularno, S.Pd, M.Si. Di bawah pimpinan beliau, SMP Negeri 6 Batam terus membuktikan diri menjadi sekolah negeri favorit dan terdepan di Kota Batam. Berbagai ajang bergengsi telah di raih peserta didik dan pendidik SMP Negeri 6 Batam. Bahkan kini, SMP Negeri 6 Batam dipercaya menjadi salah satu sekolah unggulan di Provinsi Kepri pasca ditiadakannya status RSBI. SMP Negeri 6 Batam kini juga di percaya sebagai pilot project untuk beberapa kegiatan. Yang terbaru adalah, dipercayakannya SMP Negeri 6 Batam untuk melaksanakan evaluasi Belajar Nasional (UNBK) dimulai tahun 2016.
Di tahun pelajaran 2014/2015, SMP Negeri 6 Batam telah memiliki sarana yang cukup lengkap, dengan 25 rombongan belajar dan 40 orang tenaga pendidik, serta enam orang tenaga kependidikan. Masa kepempinan Bapak Sularno S.Pd. M.Si sebagai kepala sekolah di SMP Negeri 6 Batam berakhir sampai tahun 2016. Beliau pindah tugas ke struktural di Dinas Pendidikan Kota Batam dengan jabatan Kepala Seksi Kurikulum. Sudah banyak perkembangan semenjak kepemimpinan beliau. baik sarana prasarana sekolah yang terus bertambah, penerapan Sistem Informasi Manajemen, bahkan predikat juara banyak diraih siswa siswi SMP N 6 baik di bidang akademik maupun Non Akademik.
Hingga 2022 kini, Kepala Sekolah SMP Negeri 6 Batam dijabat oleh Ibu Wagiyem S.Pd, M.M, yang sebelumnya menjabat sebagai kepala sekolah di SMP Negeri 41 Batam. Beliau mempunyai segudang prestasi, yang terbaru saat ini adalah juara 1 sebagai kepala sekolah berprestasi tingkat Nasional. Sudah hampir 6 tahun masa kepemimpinan beliau, sudah banyak perubahan yang di lakukan. Lingkungan sekolah bertambah lebih nyaman. Sekolah terus berbenah baik sarana maupun prasarana. Saat ini status sekolah merupakan salah satu SMP rujukan serta Sekolah Penggerak yang ada di kota batam dan sudah ada SK dari KEMDIKBUD. Kerja sama beliau dengan pihak lain, khususnya dengan komite sekolah semakin erat, terbukti dari terlibatnya komite dalam membantu kemajuan sekolah. Mudah-mudahkan kehadiran beliau di SMP Negeri 6 Batam dan dukungan penuh dari guru, tenaga kependidikan, karyawan serta komite/orang tua siswa mampu menjadikan sekolah ini lebih pesat perberkembangan nya. Amin. (adm)